Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 DAB1-207ENST00000420954 1817 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 DDC-214ENST00000622873 1839 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 OR2V1-204ENST00000641551 2423 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 FAM160A2-203ENST00000524416 3327 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 CNN2-205ENST00000562958 2194 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CCDC175-201ENST00000281581 2487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TMEM117-207ENST00000551577 2643 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 NXF1-213ENST00000532297 2795 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 OR2T8-201ENST00000319968 939 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CCER1-201ENST00000358859 2962 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 PHACTR1-203ENST00000379335 943 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 IFNA2-201ENST00000380206 1135 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 KIR2DL4-207ENST00000396293 715 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AL121987.1-201ENST00000435580 645 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CCND3P1-201ENST00000438347 580 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC099548.2-201ENST00000491047 571 ntTSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC079414.2-201ENST00000567157 1104 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AIPL1-210ENST00000576307 1077 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 RN7SL162P-201ENST00000579233 292 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC012593.1-214ENST00000586952 767 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC245100.4-201ENST00000634549 1082 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 OR2T8-202ENST00000641945 1226 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SLC25A18-201ENST00000327451 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SPATA12-201ENST00000334325 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ZSCAN5DP-201ENST00000600684 1488 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 PSEN2-201ENST00000366782 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 MARVELD3-201ENST00000268485 2912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AL031587.5-201ENST00000624344 1849 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 DMPK-202ENST00000343373 3227 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 EXO5-201ENST00000296380 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 LINC01114-203ENST00000425879 2434 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 HRH2-202ENST00000377291 2561 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SPOCK3-202ENST00000357545 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 PYM1-203ENST00000408946 1226 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC136604.1-202ENST00000425471 771 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TMEM222-203ENST00000464813 1071 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC097381.2-201ENST00000510640 859 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AP003351.1-201ENST00000522743 668 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 PHBP18-201ENST00000546648 813 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC009055.1-201ENST00000562656 781 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 LINC01029-202ENST00000578833 366 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TTN-AS1-264ENST00000627564 1319 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AL157832.2-205ENST00000597245 1649 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CETP-203ENST00000566128 1733 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SLC7A9-201ENST00000023064 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TBX6-202ENST00000395224 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 KRBA2-202ENST00000396267 2562 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 MAPKAP1-204ENST00000373498 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TOX3-201ENST00000219746 3233 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 LAT2-205ENST00000460943 2527 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AGPAT1-203ENST00000375107 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CA2-201ENST00000285379 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 LINC02226-201ENST00000501071 1587 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CCDC159-209ENST00000588790 1408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CSHL1-201ENST00000259003 739 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 OR2V2-201ENST00000328275 948 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CCL19-202ENST00000378800 414 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 OLA1P2-201ENST00000395519 1264 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TRAPPC4-202ENST00000434101 794 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CSHL1-206ENST00000450719 973 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 OAZ3-203ENST00000453029 729 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TIMMDC1-207ENST00000493694 710 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 LY6E-215ENST00000523847 427 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC087741.1-204ENST00000573935 646 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 HCG18-241ENST00000602290 821 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC092634.8-201ENST00000639687 773 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AL357143.1-203ENST00000639750 881 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TAF4B-203ENST00000578121 3204 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ALDH1A3-202ENST00000346623 3104 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 BCAR1-202ENST00000393420 2667 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TPGS2-201ENST00000334295 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TMPRSS4-213ENST00000522824 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC009093.1-201ENST00000566070 2099 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ALG11-204ENST00000616513 1983 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 DNM1-203ENST00000393594 3245 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 C11orf21-201ENST00000381153 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 LINC00943-204ENST00000537374 1688 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 LINC00638-201ENST00000555578 2518 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ENO2-201ENST00000229277 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TRAFD1-201ENST00000257604 3178 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
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