Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4L4

SENP3, Sentrin-specific protease 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 574 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SENP3Q9H4L4 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.68■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 RPS27L-202ENST00000411926 528 ntTSL 3 BASIC32.67■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.67■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC32.67■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC32.66■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC32.66■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC32.66■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC32.66■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC32.66■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC32.66■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC32.66■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC32.66■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.66■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC32.65■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.65■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 SMIM11A-201ENST00000399292 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 MAP3K14-205ENST00000617331 1049 ntTSL 5 BASIC32.65■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC32.65■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC32.65■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC32.64■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC32.64■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.64■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC32.64■■■□□ 2.82
SENP3Q9H4L4 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC32.63■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.63■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.63■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC32.63■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 AC008147.4-201ENST00000617570 1204 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 AC007386.2-202ENST00000622718 1018 ntTSL 3 BASIC32.63■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.63■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC32.62■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 AC008080.4-202ENST00000440034 1005 ntTSL 3 BASIC32.62■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 AL354994.1-201ENST00000445967 194 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 LINC02472-201ENST00000512268 575 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC32.62■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC32.62■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC32.62■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC32.61■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.61■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC32.61■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC32.61■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.61■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC32.6■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 AP002856.3-201ENST00000441665 635 ntTSL 3 BASIC32.6■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 AC090079.2-201ENST00000575289 768 ntBASIC32.6■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC32.59■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC32.59■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 HMGB3P14-201ENST00000494195 599 ntBASIC32.58■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC32.58■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC32.58■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 RN7SL440P-201ENST00000577855 343 ntBASIC32.58■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC32.58■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.81
SENP3Q9H4L4 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms