Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM4Q9C037 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.1 ms