Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
CHMP4AQ9BY43 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CHMP4AQ9BY43 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP4AQ9BY43 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms