Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRERF1Q96PN7 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC25.95■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
TRERF1Q96PN7 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRERF1Q96PN7 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms