Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
CCDC42Q96M95 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC42Q96M95 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms