Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.059e-7■■■■■ 33.7
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UPF1Q92900 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.617e-8■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.277e-8■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.482e-11■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 CLSTN1-205ENST00000477264 2169 ntTSL 216.6■□□□□ 0.252e-11■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.052e-11■■■■■ 33.7
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UPF1Q92900 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC32.21■■■□□ 2.757e-7■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 MLST8-208ENST00000562392 1662 ntTSL 228.17■■■□□ 2.17e-7■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 MLST8-230ENST00000568194 2116 ntTSL 1 (best)25.35■■□□□ 1.657e-7■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 MLST8-212ENST00000563067 1646 ntTSL 525.07■■□□□ 1.67e-7■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.117e-7■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 MLST8-231ENST00000568542 1865 ntTSL 1 (best)21.29■■□□□ 17e-7■■■■■ 33.7
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UPF1Q92900 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.857e-7■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 MLST8-201ENST00000301724 1735 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.247e-7■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC32.02■■■□□ 2.722e-6■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.932e-6■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 HM13-212ENST00000469097 801 ntTSL 517.57■□□□□ 0.48e-7■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.186e-7■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 SLC38A5-211ENST00000615300 797 ntTSL 320.57■□□□□ 0.884e-9■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.478e-12■■■■■ 33.7
UPF1Q92900 ITGB5-202ENST00000460797 2228 ntTSL 212.43□□□□□ -0.428e-12■■■■■ 33.7
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UPF1Q92900 HM13-211ENST00000468559 675 ntTSL 518.74■□□□□ 0.595e-10■■■■■ 33.7
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UPF1Q92900 OGFOD3-206ENST00000578586 3796 nt12.93□□□□□ -0.346e-7■■■■■ 33.6
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UPF1Q92900 SUN1-229ENST00000475971 4038 ntTSL 1 (best)10.46□□□□□ -0.732e-7■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 SUN1-212ENST00000429178 3701 ntTSL 1 (best)10.43□□□□□ -0.742e-7■■■■■ 33.6
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UPF1Q92900 HLA-E-201ENST00000376630 2601 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.19e-8■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 SLC13A5-203ENST00000433363 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.033e-8■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 SLC13A5-201ENST00000293800 3176 ntTSL 2 BASIC11.01□□□□□ -0.653e-8■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 SLC13A5-209ENST00000574580 5398 nt9.37□□□□□ -0.913e-8■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 SHISA5-218ENST00000497863 972 ntTSL 224.22■■□□□ 1.473e-12■■■■■ 33.6
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UPF1Q92900 PLEKHJ1-209ENST00000588545 889 ntTSL 230.46■■■□□ 2.472e-10■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 PLEKHJ1-210ENST00000588633 379 ntTSL 523.4■■□□□ 1.342e-10■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 TMEM245-203ENST00000472207 3261 ntTSL 29.52□□□□□ -0.894e-9■■■■■ 33.6
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UPF1Q92900 URM1-202ENST00000372850 3045 ntTSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.782e-8■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 URM1-204ENST00000452446 2944 ntTSL 2 BASIC9.91□□□□□ -0.822e-8■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.237e-9■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 MYO1D-202ENST00000394649 5451 ntTSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.337e-9■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.543e-7■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 TRIM25-207ENST00000573108 952 ntTSL 318.27■□□□□ 0.525e-7■■■■■ 33.6
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UPF1Q92900 PRKAB1-202ENST00000537057 1510 nt15.97■□□□□ 0.155e-12■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 PRKAB1-201ENST00000229328 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.135e-12■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 PRKAB1-206ENST00000541640 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.085e-12■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 PRKAB1-207ENST00000542698 4019 ntTSL 1 (best)8.78□□□□□ -15e-12■■■■■ 33.6
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UPF1Q92900 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.614e-6■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 TMEM159-203ENST00000451578 1378 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.164e-6■■■■■ 33.6
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UPF1Q92900 TMEM159-207ENST00000573688 1495 ntTSL 210.57□□□□□ -0.724e-6■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 SLC38A7-215ENST00000570101 4549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.281e-6■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 SLC38A7-201ENST00000219320 4392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.44□□□□□ -0.421e-6■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 SLC38A7-206ENST00000564100 2867 ntTSL 1 (best) BASIC9.96□□□□□ -0.811e-6■■■■■ 33.6
UPF1Q92900 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.59e-13■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.952e-11■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.059e-7■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 29e-7■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 ZNF319-201ENST00000299237 4221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.358e-8■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 RNF122-201ENST00000256257 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.052e-6■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.831e-7■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.521e-7■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.391e-7■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.241e-7■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.21e-7■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 ACBD4-205ENST00000585553 2241 ntTSL 220.57■□□□□ 0.881e-7■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 LARS2-203ENST00000415258 4744 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10□□□□□ -0.811e-8■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 LARS2-201ENST00000265537 4281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.87□□□□□ -0.831e-8■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 ABAT-201ENST00000268251 4836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.283e-7■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 ABAT-202ENST00000396600 5586 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.69□□□□□ -0.863e-7■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.54e-9■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.394e-9■■■■■ 33.5
UPF1Q92900 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.744e-8■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.382e-10■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.122e-10■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.172e-10■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.132e-10■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 PLEKHJ1-212ENST00000589791 1329 ntTSL 225.36■■□□□ 1.652e-10■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 PLEKHJ1-208ENST00000588450 2858 ntTSL 219.63■□□□□ 0.732e-10■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.452e-10■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 GPRC5C-207ENST00000577663 2224 nt21.25■□□□□ 0.994e-8■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 P4HB-215ENST00000571507 493 ntTSL 28.14□□□□□ -1.114e-50■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 IMP4-210ENST00000462392 1793 ntTSL 324.17■■□□□ 1.462e-7■■■■■ 33.4
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