Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP4Q13107 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP4Q13107 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
USP4Q13107 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
USP4Q13107 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP4Q13107 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
USP4Q13107 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP4Q13107 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP4Q13107 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP4Q13107 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP4Q13107 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
USP4Q13107 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP4Q13107 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP4Q13107 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP4Q13107 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP4Q13107 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP4Q13107 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP4Q13107 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP4Q13107 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP4Q13107 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP4Q13107 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP4Q13107 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
USP4Q13107 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP4Q13107 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP4Q13107 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP4Q13107 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP4Q13107 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP4Q13107 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP4Q13107 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP4Q13107 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP4Q13107 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP4Q13107 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP4Q13107 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USP4Q13107 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP4Q13107 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP4Q13107 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP4Q13107 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP4Q13107 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP4Q13107 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP4Q13107 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP4Q13107 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP4Q13107 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
USP4Q13107 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP4Q13107 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP4Q13107 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
USP4Q13107 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP4Q13107 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP4Q13107 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP4Q13107 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
USP4Q13107 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP4Q13107 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
USP4Q13107 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP4Q13107 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP4Q13107 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP4Q13107 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP4Q13107 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP4Q13107 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP4Q13107 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP4Q13107 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP4Q13107 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP4Q13107 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP4Q13107 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP4Q13107 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP4Q13107 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP4Q13107 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP4Q13107 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP4Q13107 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP4Q13107 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP4Q13107 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
USP4Q13107 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP4Q13107 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
USP4Q13107 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
USP4Q13107 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP4Q13107 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP4Q13107 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP4Q13107 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP4Q13107 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP4Q13107 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP4Q13107 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP4Q13107 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP4Q13107 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP4Q13107 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP4Q13107 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP4Q13107 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP4Q13107 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP4Q13107 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
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