Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CHD3Q12873 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
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