Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG3P49916 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG3P49916 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG3P49916 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG3P49916 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG3P49916 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG3P49916 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG3P49916 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG3P49916 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG3P49916 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG3P49916 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG3P49916 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG3P49916 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIG3P49916 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG3P49916 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG3P49916 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG3P49916 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG3P49916 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG3P49916 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIG3P49916 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
LIG3P49916 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIG3P49916 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG3P49916 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG3P49916 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG3P49916 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG3P49916 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG3P49916 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIG3P49916 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIG3P49916 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIG3P49916 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIG3P49916 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG3P49916 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG3P49916 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG3P49916 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG3P49916 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIG3P49916 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG3P49916 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG3P49916 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG3P49916 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG3P49916 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG3P49916 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG3P49916 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG3P49916 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG3P49916 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG3P49916 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIG3P49916 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG3P49916 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG3P49916 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG3P49916 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG3P49916 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG3P49916 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG3P49916 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG3P49916 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG3P49916 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG3P49916 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG3P49916 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIG3P49916 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms