Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
SCN4AP35499 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC27.14■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SCN4AP35499 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SCN4AP35499 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms