Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH3P20585 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH3P20585 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH3P20585 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH3P20585 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH3P20585 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH3P20585 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH3P20585 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH3P20585 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH3P20585 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH3P20585 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH3P20585 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH3P20585 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH3P20585 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH3P20585 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH3P20585 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH3P20585 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH3P20585 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH3P20585 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH3P20585 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH3P20585 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH3P20585 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH3P20585 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH3P20585 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH3P20585 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH3P20585 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH3P20585 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH3P20585 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH3P20585 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH3P20585 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH3P20585 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH3P20585 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH3P20585 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH3P20585 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH3P20585 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH3P20585 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH3P20585 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH3P20585 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH3P20585 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH3P20585 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH3P20585 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH3P20585 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH3P20585 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH3P20585 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH3P20585 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH3P20585 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH3P20585 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH3P20585 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH3P20585 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH3P20585 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH3P20585 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH3P20585 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH3P20585 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH3P20585 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH3P20585 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH3P20585 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
MSH3P20585 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH3P20585 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH3P20585 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH3P20585 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH3P20585 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH3P20585 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH3P20585 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH3P20585 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH3P20585 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
MSH3P20585 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
MSH3P20585 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
MSH3P20585 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
MSH3P20585 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSH3P20585 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSH3P20585 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSH3P20585 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
MSH3P20585 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms