Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIG1P18858 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIG1P18858 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIG1P18858 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIG1P18858 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIG1P18858 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIG1P18858 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIG1P18858 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIG1P18858 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIG1P18858 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIG1P18858 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIG1P18858 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIG1P18858 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIG1P18858 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIG1P18858 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIG1P18858 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIG1P18858 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIG1P18858 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIG1P18858 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIG1P18858 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIG1P18858 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIG1P18858 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIG1P18858 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIG1P18858 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIG1P18858 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
LIG1P18858 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIG1P18858 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIG1P18858 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIG1P18858 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIG1P18858 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIG1P18858 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
LIG1P18858 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
LIG1P18858 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG1P18858 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG1P18858 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG1P18858 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG1P18858 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG1P18858 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIG1P18858 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG1P18858 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG1P18858 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG1P18858 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG1P18858 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG1P18858 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG1P18858 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG1P18858 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG1P18858 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIG1P18858 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG1P18858 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG1P18858 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG1P18858 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG1P18858 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG1P18858 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG1P18858 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG1P18858 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG1P18858 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG1P18858 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIG1P18858 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG1P18858 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG1P18858 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG1P18858 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG1P18858 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG1P18858 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG1P18858 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG1P18858 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG1P18858 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG1P18858 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG1P18858 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIG1P18858 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIG1P18858 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIG1P18858 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIG1P18858 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIG1P18858 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIG1P18858 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIG1P18858 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIG1P18858 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIG1P18858 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIG1P18858 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIG1P18858 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIG1P18858 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
LIG1P18858 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
LIG1P18858 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIG1P18858 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIG1P18858 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIG1P18858 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms