Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 KANK2-207ENST00000589894 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 HELLS-202ENST00000348459 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PRKAG2-215ENST00000492843 2699 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 HDAC2-206ENST00000519108 2000 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 VAPB-202ENST00000395802 1834 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 TNNT2-207ENST00000367322 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AL157823.1-201ENST00000403727 628 ntBASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PPP1R7-205ENST00000404405 1009 ntTSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 CD37-203ENST00000426897 1204 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SOD2-205ENST00000444946 917 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC078785.1-204ENST00000460707 764 ntTSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AP000920.1-201ENST00000531824 344 ntBASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 BLOC1S5-205ENST00000543936 368 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC073896.4-201ENST00000553176 403 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 MT1G-203ENST00000568675 628 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PNPT1-207ENST00000625249 216 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 CRACR2A-203ENST00000440314 2697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SUCLA2-205ENST00000470760 1445 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SIGLECL1-201ENST00000316401 1708 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 NAP1L2-201ENST00000373517 2550 ntAPPRIS P1 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 USP28-214ENST00000545540 3431 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 DRC3-203ENST00000399187 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 C5orf66-206ENST00000624272 2479 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PRR26-202ENST00000441152 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 NR1H4-203ENST00000392986 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ZNF493-208ENST00000599461 1769 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 CEP135-202ENST00000422247 2092 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 CYB5R2-201ENST00000299498 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SH3BGRL3-202ENST00000319041 768 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AL357079.1-203ENST00000412378 494 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 IFNWP2-201ENST00000431203 580 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 KRT8P30-201ENST00000432100 650 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AP003168.2-201ENST00000531215 471 ntTSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 LINC02252-201ENST00000565706 487 ntTSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC009163.5-202ENST00000571737 466 ntTSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 MYMX-201ENST00000573382 817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 KRT8P34-201ENST00000577607 1044 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 MIR4746-201ENST00000579802 71 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AP000553.2-201ENST00000609038 441 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 GGNBP1-204ENST00000613113 887 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AL807740.1-201ENST00000636971 567 ntTSL 4 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC139713.2-207ENST00000641556 1292 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ASB3-201ENST00000263634 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PSMC3IP-201ENST00000253789 1408 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 FCRL6-202ENST00000339348 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 CCNG1-202ENST00000393929 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC008536.3-201ENST00000623282 1599 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SPHK2-210ENST00000599748 2683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 MAP2K3-214ENST00000613338 2029 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 CAMKV-201ENST00000296471 2913 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 C19orf66-202ENST00000397881 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PPT1-203ENST00000433473 2267 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 TRAF6-201ENST00000348124 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 SLC39A6-204ENST00000590986 3003 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 ATP2A3-202ENST00000352011 3274 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 TBC1D17-201ENST00000221543 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 TBC1D17-209ENST00000622860 2370 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 COLQ-202ENST00000383786 1482 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 AC007491.1-201ENST00000637560 1306 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 KIRREL3-202ENST00000525704 2474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 PLIN3-207ENST00000592528 2154 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 KIAA1841-201ENST00000295031 3116 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
TCOF1Q13428 BX248123.1-201ENST00000429070 606 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CDK2-203ENST00000440311 1031 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC133141.1-201ENST00000443015 339 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC002127.2-201ENST00000444032 792 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC027612.2-202ENST00000445955 1199 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC053503.3-201ENST00000448375 114 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AL390961.2-201ENST00000454991 472 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC015795.2-201ENST00000512720 575 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 SCAMP5-216ENST00000568081 710 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AL162731.1-201ENST00000613248 876 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 BX322534.1-201ENST00000635574 241 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC215524.1-201ENST00000635696 241 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ADRA1A-210ENST00000519229 1838 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PRKD2-202ENST00000433867 3321 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CDCA3-207ENST00000538862 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC034205.3-201ENST00000603595 1376 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 GOLGA8DP-202ENST00000341390 2184 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AL359845.1-201ENST00000458202 1648 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 SARS-201ENST00000234677 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CNOT7-211ENST00000523917 1885 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 BAK1-202ENST00000374467 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 LTA-213ENST00000418386 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PRR23A-201ENST00000383163 801 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 KRTAP4-12-201ENST00000394014 1077 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 SNORD23-201ENST00000408876 110 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.4 ms