Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 CCER1-201ENST00000358859 2962 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 HOXA-AS2-202ENST00000517635 2455 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CUX1P39880 GTF2A1L-201ENST00000403751 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 BPIFB6-201ENST00000349552 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 TUBD1-202ENST00000340993 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 EDDM3B-201ENST00000326783 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AL589935.1-203ENST00000412751 465 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 LINC00700-202ENST00000438372 777 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 RPSAP16-201ENST00000447583 821 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CLNK-203ENST00000507719 1143 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 PIGH-210ENST00000560722 903 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AP000553.2-201ENST00000609038 441 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 MIR6125-201ENST00000618986 96 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ZMYND15-206ENST00000592813 2274 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CUX1P39880 HLA-DPA1-242ENST00000419277 1704 ntAPPRIS P2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CUX1P39880 HIST2H2BE-201ENST00000369155 2194 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CUX1P39880 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CUX1P39880 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CUX1P39880 DRD3-202ENST00000383673 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CUX1P39880 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CUX1P39880 YWHAE-201ENST00000264335 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CUX1P39880 SETMAR-205ENST00000425863 1657 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CUX1P39880 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ZNF586-201ENST00000391702 2265 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC008080.1-201ENST00000311067 1058 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 HLA-DQA1-201ENST00000343139 1591 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PCDHA7-201ENST00000356878 2922 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 SNORA50D-201ENST00000408059 134 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 FAM160A2-202ENST00000449352 3354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 RN7SL672P-201ENST00000474091 317 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 RN7SL789P-201ENST00000478944 293 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 C10orf90-207ENST00000480379 1012 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC103724.2-201ENST00000520355 476 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 GOLGA8G-203ENST00000525590 2009 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 GOLGA8F-202ENST00000532622 2009 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC002996.1-201ENST00000546840 784 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AL512356.1-201ENST00000548203 535 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 CDC37P2-201ENST00000562287 1029 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC018766.1-201ENST00000601211 484 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AL590094.1-206ENST00000635959 478 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AL590094.1-209ENST00000637260 499 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ABCB7-202ENST00000339447 2234 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 LAMP2-203ENST00000434600 2089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 SPAG8-202ENST00000396638 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 NEBL-203ENST00000417816 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC002350.2-201ENST00000623894 1828 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AL031587.5-201ENST00000624344 1849 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 TMBIM6-203ENST00000423828 3254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 CREB5-202ENST00000396298 2001 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 MAP7D1-204ENST00000373151 3324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 LINC01136-203ENST00000457348 2539 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 TGM1-202ENST00000544573 1581 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 FXYD6-207ENST00000527717 1799 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PAEP-201ENST00000277508 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AL591499.1-201ENST00000307155 1153 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 NAALADL1-202ENST00000355721 2100 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 RNA5SP84-201ENST00000364740 107 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 TUBB2BP1-201ENST00000404155 871 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AP001092.1-201ENST00000433606 469 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC113398.1-201ENST00000464124 406 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 KRT18P42-201ENST00000505048 1255 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 TOB1-AS1-202ENST00000514358 690 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ZFYVE19-215ENST00000570108 1669 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ADCK1-201ENST00000238561 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC015813.5-201ENST00000624641 1514 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 BPIFB1-201ENST00000253354 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 HLA-DMB-258ENST00000418107 1397 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 HAO1-201ENST00000378789 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 CYP2B6-202ENST00000593831 1426 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 HOPX-202ENST00000337881 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 GPRC5C-202ENST00000392627 2988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 SFSWAP-210ENST00000541286 3219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 OR2V2-201ENST00000328275 948 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 GYG2-201ENST00000353656 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 UCN3-201ENST00000380433 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 RBMX2P5-201ENST00000424312 969 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC010997.2-201ENST00000427610 260 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 SPRY4-AS1-206ENST00000515288 539 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 MSRB1-205ENST00000564908 550 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms