Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC126335.2-201ENST00000623362 4637 ntBASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 MAP2K6-205ENST00000589647 1512 ntTSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 TBC1D24-207ENST00000627285 4382 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 TNS2-202ENST00000314276 4944 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 GPANK1-203ENST00000375896 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 C15orf52-206ENST00000559313 3022 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 RAMP3-201ENST00000242249 1323 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AC005726.3-202ENST00000577814 1316 ntTSL 3 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 SLC9A8-201ENST00000361573 6094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ANKMY1-207ENST00000403283 2874 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 EFNB1-201ENST00000204961 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ACYP1-201ENST00000238618 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 C1QA-202ENST00000402322 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AC005392.1-201ENST00000419624 500 ntTSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 PFN2-202ENST00000423691 911 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AL137856.1-201ENST00000429398 773 ntTSL 3 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AC114488.1-201ENST00000435872 591 ntTSL 3 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 HVCN1-203ENST00000439744 1215 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 SOX9-AS1-207ENST00000446332 443 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 RN7SL818P-201ENST00000485099 259 ntBASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 PCMTD1-207ENST00000522514 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 PLEKHA8P1-203ENST00000545609 277 ntTSL 3 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AC025154.2-203ENST00000550214 1031 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 TSHR-205ENST00000554263 1184 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 TSHR-206ENST00000554435 1089 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 LINC01584-201ENST00000562495 676 ntTSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 TPGS2-209ENST00000589049 1102 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 RN7SL725P-201ENST00000606439 259 ntBASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ANKRD46-205ENST00000520311 3270 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 GRIN2C-201ENST00000293190 4261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 DMPK-202ENST00000343373 3227 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 MEGF10-202ENST00000418761 2238 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 HCG27-201ENST00000383331 1720 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 FRMD4B-201ENST00000398540 5060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 MFRP-201ENST00000360167 1663 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ATP6V1C1-202ENST00000518738 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 GPRASP1-203ENST00000444152 5809 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AC109466.1-209ENST00000486913 1618 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 NOP14-AS1-201ENST00000503709 1616 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AGGF1P1-201ENST00000509500 2073 ntBASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 CRYBG2-210ENST00000527815 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 PLIN1-201ENST00000300055 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 IRAK3-201ENST00000261233 8663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AC106881.1-201ENST00000605849 3329 ntBASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 GNB1L-201ENST00000329517 6706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 TMEM47-201ENST00000275954 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 TMX4-201ENST00000246024 6169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 STRA6-205ENST00000432245 1889 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS13-202ENST00000356589 4349 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 SOAT1-203ENST00000539888 6794 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 KHSRPP1-201ENST00000427983 1768 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 RNF166-210ENST00000568683 1768 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ZNF333-209ENST00000601134 1392 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 MARK2P16-201ENST00000605714 1723 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 SH3PXD2B-201ENST00000311601 7777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 CSAD-202ENST00000379843 2086 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AC007603.1-201ENST00000563124 2085 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 PDE8A-203ENST00000394553 3912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 TRIM11-204ENST00000493030 5774 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 OGFOD3-201ENST00000313056 4287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 MFNG-202ENST00000416983 2034 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 CELA2B-201ENST00000375910 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ADARB2-AS1-201ENST00000381301 625 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 Z69890.1-201ENST00000382990 339 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 CRYBB3-202ENST00000404334 601 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 GAS5-209ENST00000430245 723 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AL591242.1-203ENST00000434329 374 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AL365295.1-203ENST00000435322 566 ntTSL 4 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ST13P19-201ENST00000442505 1124 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 FTH1P22-201ENST00000456305 520 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 PGAP2-208ENST00000464229 863 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AP000842.2-201ENST00000533033 517 ntTSL 4 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 C12orf10-207ENST00000549488 840 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AC025154.2-201ENST00000550530 445 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 AC020763.1-201ENST00000567186 551 ntTSL 4 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 RPL17P45-201ENST00000586289 509 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 LDLRAD4-208ENST00000586765 844 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 SLC52A3-205ENST00000632431 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 ITGB4-203ENST00000450894 5645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 BEND6-203ENST00000370748 3497 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 CBX3-201ENST00000337620 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 VWA2-202ENST00000392982 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 TNS2-219ENST00000552570 4714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CCDC3Q9BQI4 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
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