Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.45
CCDC9Q9Y3X0 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC30.3■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC30.3■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
CCDC9Q9Y3X0 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CCDC9Q9Y3X0 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms