Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SMARCAL1Q9NZC9 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms