Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP49Q70CQ1 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
USP49Q70CQ1 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
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