Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
USF3Q68DE3 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
USF3Q68DE3 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms