Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.7
CHD3Q12873 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC19.33■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CHD3Q12873 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CHD3Q12873 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
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