Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC28.1■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC28.09■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
BRCA1P38398 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC28.07■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
BRCA1P38398 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
BRCA1P38398 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
BRCA1P38398 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
BRCA1P38398 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
BRCA1P38398 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
BRCA1P38398 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
BRCA1P38398 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
BRCA1P38398 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
BRCA1P38398 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC28■■■□□ 2.07
BRCA1P38398 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.9 ms