Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHOX2O60902 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms