Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 HGNC:18790-201ENST00000397958 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 FBXO42-201ENST00000375592 6202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 HACD2-201ENST00000383657 4257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AC099552.2-201ENST00000418523 456 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 ALG3P1-201ENST00000508806 1114 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AP000911.1-202ENST00000532706 543 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 LINC02449-203ENST00000536034 451 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SIRPA-202ENST00000358771 3996 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 POLG-201ENST00000268124 4500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SEC14L3-204ENST00000403066 2474 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 FBXO21-202ENST00000427718 4138 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SLC26A6-213ENST00000455886 2460 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 CILP2-202ENST00000586018 4234 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 B3GAT2-201ENST00000230053 6565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 STK25-235ENST00000543554 2556 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 LINC00593-202ENST00000560853 1483 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 MLLT10-201ENST00000307729 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 CRACR2A-203ENST00000440314 2697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 DMTN-214ENST00000519907 2658 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 PLIN3-207ENST00000592528 2154 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AMT-201ENST00000273588 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 TGOLN2-204ENST00000409015 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 MAN2C1-216ENST00000563622 2961 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 RGS9-201ENST00000262406 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AC083964.2-201ENST00000623988 2396 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SLC4A7-214ENST00000455077 3775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 TET2-207ENST00000513237 10166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 TET2-209ENST00000540549 10166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SYN2-205ENST00000620175 3871 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 GAPVD1-205ENST00000394084 3190 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SLC22A5-201ENST00000245407 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 PPP6R2-204ENST00000395744 3293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 FLAD1-206ENST00000368432 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 MPPED2-202ENST00000448418 5591 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SH3TC2-202ENST00000502274 2681 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 STK3-201ENST00000419617 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 NRG1-201ENST00000287842 2035 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 GK-204ENST00000378945 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 FAM122C-203ENST00000414371 2119 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AL161932.2-201ENST00000435436 679 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 YBX1P6-201ENST00000442962 1002 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 MIR4741-201ENST00000579822 90 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 ANKS3-227ENST00000592711 580 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 OR10B1P-201ENST00000601666 907 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 GOSR2-235ENST00000640269 2190 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 PARP1-203ENST00000366794 3958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AGPAT3-205ENST00000398063 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 UQCC1-204ENST00000374384 2201 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 TNK2-202ENST00000381916 4223 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SOAT1-203ENST00000539888 6794 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 DDX17-202ENST00000396821 4791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 CSF2RB-202ENST00000403662 4863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 FAM122B-201ENST00000298090 2706 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 BCAR1-208ENST00000542031 2846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 APOF-201ENST00000398189 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 PAX7-202ENST00000400661 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 ARID3B-206ENST00000622429 4243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AL591122.2-201ENST00000624125 1853 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIG1P18858 TMPRSS2-201ENST00000332149 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIG1P18858 LMAN2L-202ENST00000377079 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIG1P18858 GPAT4-201ENST00000396987 6298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIG1P18858 DNMT3B-204ENST00000353855 4237 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIG1P18858 ENO2-205ENST00000535366 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIG1P18858 PSAP-202ENST00000394936 2872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIG1P18858 CCDC187-203ENST00000569961 3158 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AC006001.1-201ENST00000325130 474 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 C17orf51-202ENST00000412778 877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 OLR1-203ENST00000432556 950 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 FAM8A4P-201ENST00000435433 1213 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 FTLP10-202ENST00000505798 471 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 C1RL-212ENST00000545337 813 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AC023310.1-201ENST00000554836 735 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.8 ms