Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 TOMM22-201ENST00000216034 2040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 KIAA0319-203ENST00000535378 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CCDC197-206ENST00000640978 1429 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ARAP1-203ENST00000393605 4778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SIGLEC6-202ENST00000346477 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 FOS-201ENST00000303562 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 C12orf76-207ENST00000549724 1302 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 KLK3-216ENST00000617027 1341 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 LATS1-207ENST00000543571 7517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SCFD2-201ENST00000388940 2221 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 HNF4G-201ENST00000354370 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 LINC01229-201ENST00000561510 1494 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 DNAJC27-201ENST00000264711 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 DDX50-206ENST00000610822 2510 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CA10-201ENST00000285273 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SPPL2A-201ENST00000261854 7372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RGPD6-202ENST00000330331 2848 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RGPD8-202ENST00000330575 2848 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SLC35C2-213ENST00000543605 5740 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SRSF8-201ENST00000587424 4028 ntAPPRIS P1 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ATXN7-201ENST00000295900 7224 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PDGFRL-201ENST00000251630 1901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC113367.3-201ENST00000508316 1912 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 LHFPL4-201ENST00000287585 4880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RNA5SP359-201ENST00000364838 113 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC012442.2-201ENST00000414784 425 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AL139125.1-201ENST00000420395 557 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 LINC00278-201ENST00000425031 528 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AZGP1P1-202ENST00000425474 1181 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AL512330.1-201ENST00000456701 349 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RPL18AP3-201ENST00000462885 528 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC022858.1-201ENST00000521685 685 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ANO1-AS2-202ENST00000533327 498 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 LINC01481-204ENST00000550216 494 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 UPF3AP2-202ENST00000578315 730 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 NUDT4P2-201ENST00000578341 546 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TMEM205-210ENST00000588560 840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AL132780.4-201ENST00000624870 1135 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CYB561D1-204ENST00000420578 3326 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TRIM25-201ENST00000316881 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TAGLN3-201ENST00000273368 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 MOCS1-205ENST00000373195 2852 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 LARGE1-201ENST00000354992 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 COLEC11-203ENST00000382062 1633 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 HIPK4-201ENST00000291823 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RGS6-217ENST00000555571 1764 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ADAM15-201ENST00000271836 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 FGD5-AS1-202ENST00000424349 3792 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TM9SF1-202ENST00000396854 2055 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ABCB7-202ENST00000339447 2234 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 FAM219A-204ENST00000379081 3543 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 MIR22HG-201ENST00000334146 1383 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 GAK-201ENST00000314167 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 GTF2H2C-210ENST00000510979 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 IL1RAP-209ENST00000422940 1957 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PLEKHN1-203ENST00000379410 2404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AURKB-201ENST00000316199 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PRIMA1-201ENST00000316227 1080 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TOMM20L-201ENST00000360945 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SLC25A20-202ENST00000430379 1576 ntTSL 3 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AL365295.1-203ENST00000435322 566 ntTSL 4 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AL008733.1-201ENST00000440516 469 ntTSL 3 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SHANK2-210ENST00000449116 939 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 IMPA1-203ENST00000449740 1180 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 DUX4L50-201ENST00000455245 715 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RN7SL530P-201ENST00000485097 298 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RHEB-207ENST00000496004 744 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 KRT8P31-201ENST00000504812 1408 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SMIM6-201ENST00000556126 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ZNF528-AS1-202ENST00000596746 929 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC009560.1-201ENST00000620208 434 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 MAGEA2-209ENST00000623806 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AL161773.1-201ENST00000624845 863 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ROCK1-201ENST00000399799 9484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 YME1L1-202ENST00000375972 2517 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PXDNL-201ENST00000356297 4805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AP001627.1-201ENST00000437426 1754 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CNN1-201ENST00000252456 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TMEM144-209ENST00000509278 1633 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
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