Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 KCNE1-202ENST00000399284 666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 RAI1-AS1-201ENST00000443696 724 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 RNF7-205ENST00000480908 782 ntTSL 4 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AC112250.1-201ENST00000504640 745 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AC009812.1-201ENST00000605948 1059 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 ITGB2-AS1-204ENST00000609592 482 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 CREB5-202ENST00000396298 2001 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 MAGED4B-202ENST00000360134 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 ZNF587-203ENST00000423137 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 ADAM33-206ENST00000617732 1971 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 SLC37A3-201ENST00000326232 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 CATSPERD-202ENST00000381624 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 FAHD2A-204ENST00000447036 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 ARVCF-202ENST00000401994 2700 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 F2RL1-201ENST00000296677 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 RAPGEFL1-202ENST00000456989 1582 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 SERPINA4-203ENST00000557004 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 PPP3CB-201ENST00000342558 2418 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 CLTCL1-212ENST00000622493 1714 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AC246787.2-202ENST00000418566 370 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AL162151.1-201ENST00000423922 561 ntTSL 4 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 GIMAP6-202ENST00000493969 876 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AC026310.2-201ENST00000546353 728 ntTSL 4 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AL512310.5-201ENST00000551999 515 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 SNX20-205ENST00000610485 557 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 OSCP1-201ENST00000235532 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 OSCP1-203ENST00000356637 1463 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 CPPED1-201ENST00000261660 1898 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 NEIL2-201ENST00000284503 2671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 CEP63-212ENST00000513612 2903 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 PNLIP-201ENST00000369221 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 MUC1-207ENST00000368392 1032 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 MUC1-208ENST00000368393 937 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 MRPL48-203ENST00000398483 1058 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 WDR54-202ENST00000409791 854 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 MUC1-213ENST00000462215 1189 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AC022784.6-202ENST00000523246 674 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AC134878.2-201ENST00000620700 1265 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 ARHGAP27P1-BPTFP1-KPNA2P3-201ENST00000578492 2732 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 TOX3-201ENST00000219746 3233 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 SLC7A4-201ENST00000382932 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 SLC7A4-202ENST00000403586 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 FGD2-201ENST00000274963 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 STX3-207ENST00000633708 3111 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 SLC36A1-211ENST00000616007 1389 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 RPP30-202ENST00000371703 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AC089987.1-201ENST00000551654 2209 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 MKRN2-203ENST00000448482 1679 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 TP53I11-208ENST00000525680 2647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 CCNE2-201ENST00000308108 2724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 MAL-204ENST00000354078 831 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 LINC00388-201ENST00000412714 663 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
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CHD9Q3L8U1 AC008750.2-201ENST00000526996 627 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 MSRB1-205ENST00000564908 550 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AC009119.3-202ENST00000566773 196 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AC006547.1-209ENST00000596334 996 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 FXYD4-204ENST00000616495 778 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 PRUNE1-205ENST00000368937 1850 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 POU2F2-204ENST00000526816 3218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 LGALS4-201ENST00000307751 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 PGAP2-204ENST00000396991 1798 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 DNAJB6-204ENST00000429029 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 MSH5-203ENST00000375750 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 EPN2-210ENST00000571254 1883 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 ZCCHC7-201ENST00000322831 1219 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 SNRPC-202ENST00000374017 1054 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AL357033.2-201ENST00000430184 739 ntTSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AC005722.1-201ENST00000431878 964 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 GYG1-209ENST00000483267 801 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 TMEM154-202ENST00000504064 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AC010183.1-201ENST00000552413 559 ntTSL 4 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 LINC02081-201ENST00000586185 877 ntTSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC14.66□□□□□ -0.06
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