Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 FAM21EP-201ENST00000417804 985 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AP000244.1-201ENST00000424582 201 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 HNRNPA1P2-207ENST00000432375 960 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 NRADDP-201ENST00000437305 691 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC027612.2-202ENST00000445955 1199 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 HIST1H2APS2-201ENST00000454426 370 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC087071.1-201ENST00000469264 427 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC113347.2-201ENST00000512350 279 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 RN7SKP155-201ENST00000516031 288 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SERGEF-208ENST00000528200 1264 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 RBM4-211ENST00000530235 1011 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC019294.2-203ENST00000569596 594 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 HNRNPA1P16-201ENST00000575692 955 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AL136982.5-201ENST00000605222 294 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AL645608.7-201ENST00000607769 351 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CTSH-218ENST00000615999 972 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC073869.4-201ENST00000620841 800 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PFDN5-220ENST00000628881 231 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SLC4A1-206ENST00000631130 1433 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ANXA5-202ENST00000501272 1363 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 F10-201ENST00000375551 1509 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CYP20A1-203ENST00000429815 1812 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PTK6-202ENST00000542869 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 EZH2-202ENST00000350995 2477 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 DYRK1A-203ENST00000398956 1590 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 HNRNPA1-201ENST00000330752 1294 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 RPS9-202ENST00000391751 510 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PRAME-206ENST00000406503 740 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 HORMAD2-AS1-202ENST00000432568 727 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CDK2-203ENST00000440311 1031 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC015795.2-201ENST00000512720 575 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PMEL-214ENST00000550447 901 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC007298.2-201ENST00000551849 862 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ORMDL2-205ENST00000552672 760 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 BATF-202ENST00000555504 361 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 RN7SL556P-201ENST00000582856 298 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC005777.1-201ENST00000588332 187 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TYMSP2-201ENST00000589501 424 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 FAAP24-203ENST00000589646 836 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.144-201ENST00000617007 311 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CR392039.1-201ENST00000623217 204 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PDGFRL-201ENST00000251630 1901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 KCTD6-205ENST00000490264 1759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 FAM122A-201ENST00000394264 4575 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 COLQ-202ENST00000383786 1482 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 BCAR3-210ENST00000539242 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 COLCA2-202ENST00000526216 1332 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PAX6-203ENST00000379109 3182 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.3 ms