Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 CDK4P1-201ENST00000454213 828 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 TREX1-203ENST00000456089 629 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 RNU1-80P-201ENST00000459500 161 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 AC005993.1-201ENST00000555581 397 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 ALDOA-209ENST00000563060 1550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 SIGLEC6-204ENST00000391797 1391 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 USP39-220ENST00000613444 2161 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 PHKG1-201ENST00000297373 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 RPL10L-201ENST00000298283 812 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 CALML6-201ENST00000307786 1101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 NCR1-204ENST00000357397 594 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 AL158207.2-201ENST00000414926 266 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 AL773545.2-201ENST00000442149 472 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 ALG1L15P-201ENST00000482834 794 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 TIMM10-202ENST00000525158 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 MIR8071-1-201ENST00000616769 65 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 MIR8071-2-201ENST00000616772 65 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
SCAPERQ9BY12 SFXN4-201ENST00000355697 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 DLGAP1-213ENST00000534970 2365 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 ERLIN2-205ENST00000518586 2623 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 BCL2L12-211ENST00000614495 1402 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 AC004923.3-201ENST00000527532 355 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 FAM167A-AS1-202ENST00000533578 1222 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 AC011603.2-203ENST00000547387 897 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 SLC25A3-215ENST00000551265 580 ntTSL 4 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 SPAG5-AS1-204ENST00000556050 871 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 CDIPT-AS1-202ENST00000565014 729 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 SCAMP5-216ENST00000568081 710 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 RN7SL524P-201ENST00000581152 300 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 USP32P3-202ENST00000583574 611 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 KF455155.1-201ENST00000604493 303 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 AC245100.4-201ENST00000634549 1082 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 LHFPL1-201ENST00000371968 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 ANKMY2-201ENST00000306999 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 GGT6-201ENST00000301395 2534 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 SLC13A5-202ENST00000381074 1738 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 SNCAIP-206ENST00000414317 1591 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 LINC00299-202ENST00000442956 2342 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 APOBEC3A-201ENST00000249116 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 GH1-203ENST00000351388 685 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 Z95624.1-201ENST00000413528 628 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 AP001615.1-201ENST00000423276 461 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 FDPSP7-201ENST00000429043 1054 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 KRT18P15-201ENST00000458108 1291 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 C10orf91-203ENST00000490765 462 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 ZFP1-207ENST00000567481 493 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 ETV4-208ENST00000586826 917 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 ILDR1-205ENST00000462014 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 APOF-201ENST00000398189 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 MPHOSPH10-205ENST00000498451 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 PLXNC1-202ENST00000545312 1813 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 PPT2-245ENST00000361568 1759 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 GFI1B-203ENST00000372123 1514 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 AAAS-202ENST00000394384 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 PES1P2-201ENST00000449745 1735 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
SCAPERQ9BY12 RNA5SP491-201ENST00000362936 118 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms