Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIG3P49916 SLC38A1-204ENST00000546893 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIG3P49916 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIG3P49916 GCKR-201ENST00000264717 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIG3P49916 CDK20-201ENST00000325303 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIG3P49916 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIG3P49916 CCDC57-202ENST00000389641 3000 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIG3P49916 CCDC57-206ENST00000392347 3000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIG3P49916 KRT74-203ENST00000549343 2858 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LIG3P49916 CEP70-201ENST00000264982 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 TOLLIP-203ENST00000525159 3429 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 LETMD1-235ENST00000552739 1713 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 FAM98B-202ENST00000397609 4388 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 COL4A3-202ENST00000396578 8097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 SETD1B-203ENST00000604567 5969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 PCDHB18P-202ENST00000526308 3197 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 OR2C3-201ENST00000366487 8467 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 PIP5K1B-208ENST00000541509 2664 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 B3GAT1-203ENST00000524765 5737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 AC068760.1-201ENST00000493579 1953 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 NAA60-202ENST00000407558 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 AL031595.1-201ENST00000623969 4709 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 LIMS3-203ENST00000480744 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 AIPL1-204ENST00000570466 1196 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 HNRNPH1-202ENST00000356731 3667 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 PPP1R13L-201ENST00000360957 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 ANKZF1-201ENST00000323348 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 SPOCK3-226ENST00000541354 2797 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 ADAMTSL2-201ENST00000354484 4068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 CPSF1-212ENST00000616140 4494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 FRZB-201ENST00000295113 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 SUPT20H-212ENST00000475892 2836 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 PGAP2-201ENST00000278243 2062 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 MKLN1-203ENST00000421797 2460 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 TSEN2-202ENST00000402228 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 OPA1-205ENST00000361908 6439 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 MEG3-213ENST00000455531 4867 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 SGMS1-202ENST00000361781 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LIG3P49916 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 KCNT1-212ENST00000628528 7057 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 MAGED2-201ENST00000218439 1958 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 RNH1-224ENST00000534797 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 USP49-201ENST00000373006 3177 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 ZNF395-201ENST00000344423 4808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 DPYSL2-204ENST00000521913 4805 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 WASHC2C-210ENST00000623400 4616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 ENG-204ENST00000480266 2804 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 ZYG11A-201ENST00000371528 4469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 YIPF6-204ENST00000462683 6741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 IFT88-202ENST00000351808 2856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 CPNE5-202ENST00000393189 2542 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 EGFR-207ENST00000455089 3844 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 TRPV1-206ENST00000571088 4105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 NFATC1-204ENST00000397790 3453 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 LRSAM1-203ENST00000373322 2849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 UBR2-201ENST00000372899 7857 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 UBR2-202ENST00000372901 7857 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LIG3P49916 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms