Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SMIM22-211ENST00000615889 1047 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TTK-201ENST00000230510 3477 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CAND2-204ENST00000456430 4573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MIR193BHG-211ENST00000641433 5365 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LRP5L-202ENST00000402859 1661 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 GNG12-AS1-201ENST00000413628 2058 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 APBB1-219ENST00000608704 2095 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 HIF3A-206ENST00000472815 1709 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TMC8-201ENST00000318430 4411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 RUBCNL-201ENST00000378781 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MAGEA4-202ENST00000360243 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MAGEA4-203ENST00000370335 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MAGEA4-204ENST00000370340 1773 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 PCGF2-202ENST00000611883 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 XIRP1-203ENST00000421646 2596 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 FAM201A-201ENST00000377680 3437 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ZNF829-201ENST00000391711 1805 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ZMIZ2-206ENST00000441627 5089 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 RGS22-201ENST00000360863 4296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TFR2-205ENST00000462107 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LPCAT1-201ENST00000283415 3966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 DDX21-202ENST00000620315 4829 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS2-201ENST00000332149 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CEP131-201ENST00000269392 3673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 COL20A1-203ENST00000422202 8097 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 NCLP1-201ENST00000445357 1963 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 VAPA-202ENST00000400000 6815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 EPN2-205ENST00000395626 2863 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MTCL1-202ENST00000359865 6093 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 USP40-208ENST00000450966 5616 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 COG6-202ENST00000416691 5257 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 RNF220-203ENST00000361799 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 RNF220-204ENST00000372247 3010 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SEC23A-201ENST00000307712 4135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 NTSR1-201ENST00000370501 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MEGF8-201ENST00000251268 9549 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 FAM120B-205ENST00000630384 3721 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TTC14-202ENST00000382584 2274 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TAF8-202ENST00000372978 794 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AL603764.1-201ENST00000636452 321 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 C12orf43-202ENST00000445832 2397 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 PPIP5K1-209ENST00000420765 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CCDC57-202ENST00000389641 3000 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CCDC57-206ENST00000392347 3000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 NECAP2-202ENST00000443980 1929 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CYP26B1-201ENST00000001146 4732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 RPUSD4-201ENST00000298317 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 FCRL6-201ENST00000321935 1997 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ELN-222ENST00000458204 3147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 FUT3-201ENST00000303225 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AMOTL2-202ENST00000422605 4335 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 C19orf44-203ENST00000594035 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MED16-202ENST00000312090 3229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ABCC10-204ENST00000372530 5033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TCOF1-207ENST00000504761 4467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 STK38L-201ENST00000389032 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ERVK13-1-207ENST00000569465 3321 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ZBP1-201ENST00000371173 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ADGRA1-201ENST00000392606 3438 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SUPT7L-203ENST00000405491 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 COL16A1-202ENST00000373668 3643 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 FAM122B-202ENST00000343004 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CLUAP1-202ENST00000571025 5126 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ITGA6-202ENST00000409080 5306 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TSPOAP1-201ENST00000268893 7483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AC022007.1-201ENST00000383808 1897 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 GTF2IRD2B-203ENST00000472837 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 FASN-206ENST00000634990 8407 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 ARMCX3-203ENST00000471229 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 CRIP1-202ENST00000392531 485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 GPR35-205ENST00000438013 3821 ntAPPRIS P3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.3 ms