Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP3Q9Y3E7 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
CHMP3Q9Y3E7 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms