Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NKX2-4Q9H2Z4 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
NKX2-4Q9H2Z4 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms