Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TRERF1Q96PN7 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
TRERF1Q96PN7 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms