Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP4CQ96CF2 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4CQ96CF2 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms