Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC34.61■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC34.6■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC34.6■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC34.59■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC34.58■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC34.58■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC34.58■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.58■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC34.58■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
TCOF1Q13428 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC34.57■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.57■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC34.57■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.56■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC34.56■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC34.56■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.55■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC34.55■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC34.55■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC34.55■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC34.55■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC34.55■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC34.54■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.54■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC34.53■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC34.53■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC34.53■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC34.53■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC34.53■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC34.52■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.52■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC34.52■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC34.51■■■■□ 3.12
TCOF1Q13428 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC34.51■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC34.51■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.5■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC34.5■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC34.5■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.5■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC34.5■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC34.5■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.5■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC34.5■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC34.49■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC34.48■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC34.48■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC34.48■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC34.47■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC34.47■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC34.46■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.46■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
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