Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP4Q13107 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
USP4Q13107 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP4Q13107 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
USP4Q13107 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
USP4Q13107 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
USP4Q13107 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP4Q13107 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP4Q13107 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP4Q13107 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP4Q13107 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP4Q13107 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP4Q13107 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP4Q13107 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP4Q13107 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
USP4Q13107 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP4Q13107 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP4Q13107 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP4Q13107 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP4Q13107 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP4Q13107 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP4Q13107 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP4Q13107 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP4Q13107 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP4Q13107 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP4Q13107 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
USP4Q13107 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP4Q13107 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
USP4Q13107 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
USP4Q13107 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP4Q13107 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP4Q13107 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP4Q13107 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP4Q13107 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
USP4Q13107 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP4Q13107 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP4Q13107 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP4Q13107 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
USP4Q13107 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP4Q13107 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP4Q13107 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP4Q13107 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP4Q13107 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP4Q13107 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP4Q13107 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP4Q13107 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP4Q13107 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP4Q13107 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP4Q13107 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
USP4Q13107 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP4Q13107 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP4Q13107 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP4Q13107 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP4Q13107 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP4Q13107 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP4Q13107 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP4Q13107 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP4Q13107 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP4Q13107 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP4Q13107 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP4Q13107 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
USP4Q13107 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP4Q13107 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
USP4Q13107 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
USP4Q13107 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP4Q13107 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
USP4Q13107 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP4Q13107 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP4Q13107 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP4Q13107 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP4Q13107 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP4Q13107 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP4Q13107 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP4Q13107 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP4Q13107 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP4Q13107 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP4Q13107 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP4Q13107 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP4Q13107 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
USP4Q13107 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP4Q13107 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP4Q13107 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP4Q13107 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP4Q13107 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP4Q13107 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP4Q13107 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP4Q13107 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP4Q13107 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP4Q13107 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP4Q13107 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP4Q13107 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
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