Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 NCAPG2-202ENST00000409339 5253 ntTSL 1 (best) BASIC7.56□□□□□ -1.26e-7■■■■■ 42.4
SF3A3Q12874 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 22e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 BRF1-215ENST00000549655 1962 ntTSL 219.53■□□□□ 0.722e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.452e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.382e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.372e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 BRF1-211ENST00000547530 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.372e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.292e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.012e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC14.45□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 BRF1-220ENST00000552127 778 ntTSL 413.47□□□□□ -0.252e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 BRF1-204ENST00000392557 3579 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 TKFC-207ENST00000528061 555 ntTSL 312.69□□□□□ -0.382e-8■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 FAM50A-203ENST00000464419 1470 ntTSL 520.64■□□□□ 0.893e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 USP11-205ENST00000467378 696 ntTSL 317.62■□□□□ 0.413e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.283e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 FAM50A-201ENST00000158526 1240 ntTSL 516.66■□□□□ 0.263e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 PDPR-202ENST00000398122 2734 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.163e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 MYO9B-205ENST00000594971 461 ntTSL 515.39■□□□□ 0.052e-11■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 MUS81-209ENST00000529786 759 ntTSL 315.37■□□□□ 0.053e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 MYO9B-204ENST00000594824 7595 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.032e-11■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 MYO9B-207ENST00000595641 6215 ntTSL 514.64□□□□□ -0.072e-11■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 MYO9B-206ENST00000595618 7623 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.182e-11■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 MYO9B-201ENST00000397274 7532 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.192e-11■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 MUS81-212ENST00000530282 755 ntTSL 213.49□□□□□ -0.253e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 CBLB-201ENST00000264122 6780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.313e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 MYO9B-216ENST00000601490 557 ntTSL 212.13□□□□□ -0.472e-11■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 FAM50A-206ENST00000490480 346 ntTSL 510.88□□□□□ -0.673e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 FAM50A-205ENST00000481619 763 ntTSL 210.87□□□□□ -0.673e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 PDPR-201ENST00000288050 9255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.673e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 RNF31-215ENST00000559491 478 ntTSL 210.24□□□□□ -0.773e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 PDPR-207ENST00000565186 4353 ntTSL 210.14□□□□□ -0.793e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 CDS2-201ENST00000379070 2713 ntTSL 29.49□□□□□ -0.893e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 PDPR-210ENST00000568530 7223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.893e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 PDPR-204ENST00000562100 1643 ntTSL 59.25□□□□□ -0.933e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 MYO9B-217ENST00000601749 645 ntTSL 27.88□□□□□ -1.152e-11■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 MYO9B-219ENST00000602177 524 ntTSL 37.68□□□□□ -1.182e-11■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 CBLB-205ENST00000407712 1493 ntTSL 2 BASIC6.15□□□□□ -1.433e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 MYO9B-214ENST00000598464 223 ntTSL 24.19□□□□□ -1.742e-11■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 CBLB-202ENST00000394030 4475 ntTSL 1 (best)4.11□□□□□ -1.753e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 CBLB-209ENST00000476370 4722 ntTSL 1 (best)4.05□□□□□ -1.763e-6■■■■■ 42.3
SF3A3Q12874 SFI1-201ENST00000357852 1453 ntTSL 1 (best)17.21■□□□□ 0.358e-11■■■■■ 42.1
SF3A3Q12874 SFI1-221ENST00000476577 1485 ntTSL 1 (best)15.45■□□□□ 0.068e-11■■■■■ 42.1
SF3A3Q12874 SFI1-214ENST00000464333 3019 ntTSL 214.93□□□□□ -0.028e-11■■■■■ 42.1
SF3A3Q12874 SFI1-219ENST00000474741 708 ntTSL 513.62□□□□□ -0.238e-11■■■■■ 42.1
SF3A3Q12874 KDM4B-205ENST00000588337 504 ntTSL 523.45■■□□□ 1.348e-12■■■■■ 42
SF3A3Q12874 INPPL1-211ENST00000541544 530 ntTSL 219.86■□□□□ 0.773e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.673e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.643e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CLCN2-210ENST00000636180 3019 ntTSL 518.81■□□□□ 0.63e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.578e-12■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CLCN2-215ENST00000636661 4378 ntTSL 518.27■□□□□ 0.523e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CPSF1-209ENST00000532725 597 ntTSL 218■□□□□ 0.478e-12■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.373e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.363e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CLCN2-203ENST00000430397 1844 ntTSL 1 (best)16.95■□□□□ 0.33e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.118e-12■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CTU2-206ENST00000564921 931 ntTSL 214.16□□□□□ -0.148e-12■■■■■ 42
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SF3A3Q12874 MTHFD1-210ENST00000555252 2053 ntTSL 1 (best)11.34□□□□□ -0.593e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 PRCC-207ENST00000526188 634 ntTSL 211.24□□□□□ -0.618e-12■■■■■ 42
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SF3A3Q12874 PRCC-206ENST00000491853 833 ntTSL 310.55□□□□□ -0.728e-12■■■■■ 42
SF3A3Q12874 GIGYF2-202ENST00000409196 5747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.51□□□□□ -0.733e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 GIGYF2-205ENST00000409547 5978 ntTSL 1 (best) BASIC10.32□□□□□ -0.763e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 GIGYF2-204ENST00000409480 5976 ntTSL 5 BASIC10.07□□□□□ -0.83e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 SUN2-206ENST00000430185 454 ntTSL 39.72□□□□□ -0.858e-12■■■■■ 42
SF3A3Q12874 BRF1-207ENST00000546417 554 ntTSL 39.64□□□□□ -0.873e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 GIGYF2-201ENST00000373563 5847 ntTSL 1 (best) BASIC9.58□□□□□ -0.883e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 GIGYF2-231ENST00000474312 4687 ntTSL 27.22□□□□□ -1.253e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 GIGYF2-246ENST00000629305 7878 ntTSL 5 BASIC6.77□□□□□ -1.333e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 PRCC-203ENST00000459707 557 ntTSL 25.79□□□□□ -1.488e-12■■■■■ 42
SF3A3Q12874 ACTN1-211ENST00000553882 2636 ntTSL 215.64■□□□□ 0.13e-8■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CANX-218ENST00000514032 1876 ntTSL 220.84■□□□□ 0.939e-8■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.369e-8■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CANX-202ENST00000452673 4207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.059e-8■■■■■ 42
SF3A3Q12874 CANX-209ENST00000504734 2232 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.279e-8■■■■■ 42
SF3A3Q12874 EIF4G1-224ENST00000444861 2384 ntTSL 1 (best)23.96■■□□□ 1.432e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 EIF4G1-226ENST00000450424 2658 ntTSL 519.75■□□□□ 0.752e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 EIF4G1-210ENST00000421110 2755 ntTSL 517.43■□□□□ 0.382e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 EIF4G1-213ENST00000426123 2907 ntTSL 217.3■□□□□ 0.362e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 EIF4G1-208ENST00000413967 2808 ntTSL 216.81■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 42
SF3A3Q12874 BSDC1-201ENST00000341071 4599 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 41.9
SF3A3Q12874 BSDC1-203ENST00000419121 1473 ntTSL 2 BASIC14.06□□□□□ -0.162e-6■■■■■ 41.9
SF3A3Q12874 BSDC1-205ENST00000446293 1505 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.232e-6■■■■■ 41.9
SF3A3Q12874 BSDC1-206ENST00000455895 2846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 41.9
SF3A3Q12874 BSDC1-209ENST00000526031 1361 ntTSL 2 BASIC12.52□□□□□ -0.412e-6■■■■■ 41.9
SF3A3Q12874 BSDC1-204ENST00000444377 2925 ntTSL 1 (best)11.35□□□□□ -0.592e-6■■■■■ 41.9
SF3A3Q12874 RBM28-202ENST00000415472 2251 ntTSL 2 BASIC12.5□□□□□ -0.411e-6■■■■■ 41.9
SF3A3Q12874 RBM28-204ENST00000478061 932 ntTSL 311.84□□□□□ -0.511e-6■■■■■ 41.9
SF3A3Q12874 RBM28-201ENST00000223073 15507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.31□□□□□ -1.241e-6■■■■■ 41.9
SF3A3Q12874 RBM28-207ENST00000488249 570 ntTSL 33.55□□□□□ -1.841e-6■■■■■ 41.9
SF3A3Q12874 HGS-207ENST00000571885 350 ntTSL 317.43■□□□□ 0.389e-15■■■■■ 41.9
SF3A3Q12874 WASH2P-202ENST00000538033 2800 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.182e-9■■■■■ 41.8
SF3A3Q12874 WASH2P-201ENST00000453662 1684 ntBASIC12.35□□□□□ -0.432e-9■■■■■ 41.8
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