Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN1BQ07699 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN1BQ07699 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN1BQ07699 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN1BQ07699 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN1BQ07699 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN1BQ07699 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN1BQ07699 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN1BQ07699 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN1BQ07699 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN1BQ07699 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN1BQ07699 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN1BQ07699 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN1BQ07699 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
SCN1BQ07699 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SCN1BQ07699 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SCN1BQ07699 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SCN1BQ07699 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SCN1BQ07699 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SCN1BQ07699 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SCN1BQ07699 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SCN1BQ07699 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms