Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
BDNFP23560 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
BDNFP23560 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
BDNFP23560 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
BDNFP23560 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
BDNFP23560 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
BDNFP23560 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
BDNFP23560 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
BDNFP23560 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
BDNFP23560 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
BDNFP23560 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
BDNFP23560 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
BDNFP23560 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
BDNFP23560 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
BDNFP23560 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
BDNFP23560 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
BDNFP23560 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
BDNFP23560 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
BDNFP23560 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
BDNFP23560 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
BDNFP23560 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
BDNFP23560 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
BDNFP23560 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
BDNFP23560 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
BDNFP23560 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
BDNFP23560 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
BDNFP23560 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
BDNFP23560 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
BDNFP23560 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
BDNFP23560 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
BDNFP23560 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
BDNFP23560 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
BDNFP23560 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
BDNFP23560 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
BDNFP23560 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
BDNFP23560 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
BDNFP23560 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
BDNFP23560 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
BDNFP23560 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
BDNFP23560 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
BDNFP23560 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
BDNFP23560 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
BDNFP23560 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
BDNFP23560 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
BDNFP23560 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
BDNFP23560 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
BDNFP23560 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
BDNFP23560 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
BDNFP23560 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
BDNFP23560 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
BDNFP23560 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
BDNFP23560 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
BDNFP23560 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
BDNFP23560 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
BDNFP23560 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
BDNFP23560 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
BDNFP23560 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
BDNFP23560 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
BDNFP23560 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
BDNFP23560 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
BDNFP23560 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
BDNFP23560 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
BDNFP23560 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
BDNFP23560 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
BDNFP23560 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
BDNFP23560 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
BDNFP23560 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
BDNFP23560 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
BDNFP23560 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC23.91■■□□□ 1.42
BDNFP23560 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
BDNFP23560 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
BDNFP23560 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
BDNFP23560 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
BDNFP23560 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
BDNFP23560 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
BDNFP23560 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
BDNFP23560 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
BDNFP23560 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
BDNFP23560 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
BDNFP23560 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
BDNFP23560 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
BDNFP23560 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
BDNFP23560 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
BDNFP23560 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
BDNFP23560 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
BDNFP23560 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms