Protein–RNA interactions for Protein: P09017

HOXC4, Homeobox protein Hox-C4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 264 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC4P09017 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC4P09017 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC4P09017 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXC4P09017 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms