Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 RBSN-207ENST00000476527 3005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SHCBP1-201ENST00000303383 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 RRM2B-211ENST00000621845 3483 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MAP7D2-201ENST00000379643 3918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SMAGP-203ENST00000603798 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ITGB8-201ENST00000222573 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ACIN1-202ENST00000338631 2445 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 NINL-203ENST00000422516 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SVOPL-202ENST00000419765 1523 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ALOX15B-202ENST00000380183 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LARP7-202ENST00000344442 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TUBB8P4-201ENST00000511806 1324 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CYB561-202ENST00000392975 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LAMP2-203ENST00000434600 2089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TBC1D3-201ENST00000620215 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TBC1D3C-201ENST00000622206 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 USP19-202ENST00000398888 4559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SH2D3C-201ENST00000314830 3124 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 STRIP2-202ENST00000435494 2866 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LINC01833-203ENST00000437916 2880 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 WDFY1-201ENST00000233055 4660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TRIM46-205ENST00000392451 3195 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SLC45A1-201ENST00000289877 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 VRK3-201ENST00000316763 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ZNF23-203ENST00000393539 3242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 GABPA-202ENST00000400075 4814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SMTN-201ENST00000333137 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SLC4A5-201ENST00000346834 6233 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 DCAF10-202ENST00000377724 3862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AL157996.1-201ENST00000624684 2299 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TMPO-202ENST00000266732 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ELF3-202ENST00000367283 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 PPFIA4-202ENST00000295706 6395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 NXPH3-202ENST00000513748 1530 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SFMBT2-203ENST00000379713 2402 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ACIN1-204ENST00000397341 2738 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SMIM14-201ENST00000295958 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SGCE-202ENST00000415788 1871 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 KAZN-205ENST00000400798 3643 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CAPN14-202ENST00000403897 2197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 RHOH-220ENST00000615083 2156 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 DDX49-214ENST00000629999 1912 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MKRN1-201ENST00000255977 3151 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CSF2RB-203ENST00000406230 2895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CDK11B-203ENST00000341832 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 DLEU2-201ENST00000235290 1739 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LINC00940-201ENST00000418006 2350 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MYO16-202ENST00000356711 6874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 GSE1-203ENST00000405402 4366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ASAP1-201ENST00000357668 6344 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF4-217ENST00000611048 3486 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 HYOU1-220ENST00000617285 4529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 BRSK2-207ENST00000528710 3528 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 C15orf39-207ENST00000567617 4249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 C19orf12-209ENST00000623113 4242 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SYBU-235ENST00000533895 3244 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LINC02076-201ENST00000577684 1871 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 NUTM2E-202ENST00000602967 3623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TRIB2-201ENST00000155926 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 NCLN-201ENST00000246117 4005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ELAVL4-207ENST00000448907 1951 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 NME1-209ENST00000511355 1645 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.3 ms