Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 AC048382.6-201ENST00000621980 1223 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 SUPT20H-212ENST00000475892 2836 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 BAIAP2-220ENST00000575712 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 ZNF143-202ENST00000396597 1954 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 WNT8A-202ENST00000398754 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 ZFP1-201ENST00000332307 1502 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 FAM189A2-202ENST00000303068 2051 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 PDE4DIP-202ENST00000369347 1137 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 TMSB4X-202ENST00000380635 767 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 RPL38-202ENST00000439590 431 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 BX322562.1-201ENST00000617004 561 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 MTUS1-229ENST00000634613 1193 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 RPL4P6-201ENST00000438116 1304 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 TMEM45A-202ENST00000403410 1910 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 RERG-201ENST00000256953 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 PAK3-208ENST00000446737 2550 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 XRCC3-211ENST00000555055 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 TICAM1-201ENST00000248244 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 NR1I3-201ENST00000367979 1074 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 NR1I3-207ENST00000367985 1074 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 IGLV3-9-201ENST00000390316 461 ntAPPRIS P1 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 UBE2I-206ENST00000403747 1217 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 TPT1P9-201ENST00000413759 514 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 SGO1-AS1-201ENST00000441442 499 ntTSL 4 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 NR1I3-225ENST00000508387 634 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 AC233724.9-201ENST00000511694 407 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 AC137579.2-201ENST00000517714 551 ntTSL 4 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 LINC00301-203ENST00000527161 749 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 SULT1A3-206ENST00000563322 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 AC007223.1-201ENST00000564076 572 ntTSL 3 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 SULT1A4-204ENST00000565290 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 SLC47A1-206ENST00000571335 1415 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 NIPAL3-203ENST00000358028 1757 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 ZNF570-202ENST00000586475 1985 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 TUBAL3-201ENST00000380419 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 PHTF2-204ENST00000415251 1738 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 LYPLA1-202ENST00000343231 1308 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 DAO-208ENST00000551281 1345 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 RPL10L-201ENST00000298283 812 ntAPPRIS P1 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 SUMO1-206ENST00000409368 1187 ntTSL 4 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 SAP18P2-201ENST00000434334 459 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 VDAC1P11-201ENST00000458323 852 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 CMTM1-219ENST00000533953 934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 AC011603.2-203ENST00000547387 897 ntTSL 3 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 EEF1AKMT3-203ENST00000548256 561 ntTSL 4 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 OR3A1-202ENST00000615105 966 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 MEFV-203ENST00000536379 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 SALL4P6-201ENST00000429385 1691 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 MARCH9-202ENST00000548358 1668 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 TGM1-202ENST00000544573 1581 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 OR7E12P-201ENST00000344740 973 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 ACOT6-201ENST00000381139 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 HNRNPA1P56-201ENST00000505767 954 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 AC009120.2-205ENST00000561921 490 ntTSL 3 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 AC090282.1-201ENST00000572821 534 ntTSL 3 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 CLPP-205ENST00000596605 646 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 AL499606.1-201ENST00000627866 413 ntTSL 3 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 Z82244.2-201ENST00000632196 448 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 Metazoa_SRP.210-201ENST00000637921 244 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 DIRAS3-201ENST00000370981 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 SPAG1-205ENST00000520508 1796 ntTSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 MMP19-202ENST00000409200 1431 ntTSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.04
CHD9Q3L8U1 FLAD1-202ENST00000295530 1211 ntTSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms