Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 RHOC-205ENST00000369636 786 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 AL132657.1-201ENST00000432530 712 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 AC027612.2-202ENST00000445955 1199 ntBASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 HNRNPA1P42-201ENST00000458678 957 ntBASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 RORA-AS1-201ENST00000501579 761 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 BCL2L12P1-201ENST00000508390 733 ntBASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 TNFSF13B-206ENST00000542136 495 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 FAM192A-218ENST00000567439 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 COQ4-204ENST00000608951 781 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 MIAT_exon5_3.1-201ENST00000613656 377 ntBASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 PFDN5-220ENST00000628881 231 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 RAD23A-209ENST00000592268 1526 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 ERLIN2-205ENST00000518586 2623 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 DDC-AS1-201ENST00000454521 1776 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 TACC3-212ENST00000612220 1756 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 GNAI2-201ENST00000266027 2169 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 TINF2-215ENST00000626689 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 HNRNPUL1-201ENST00000263367 2952 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 CAPN5-202ENST00000456580 2805 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 WASH2P-202ENST00000538033 2800 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 GMEB1-202ENST00000361872 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 MAPK7-203ENST00000395602 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 RUSC1-202ENST00000368347 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 MARK2-206ENST00000425897 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 SMAD2-212ENST00000591214 1714 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 VDAC1-201ENST00000265333 1953 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 AC007240.1-201ENST00000641498 1996 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 FCRL6-202ENST00000339348 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 KRT8P18-201ENST00000413425 1445 ntBASIC15.07■□□□□ 0
COL4A4P53420 PAPD7-207ENST00000631941 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 AC010900.1-201ENST00000449849 1296 ntBASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 AC023906.1-201ENST00000486386 453 ntBASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 RN7SKP155-201ENST00000516031 288 ntBASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 AC011603.2-203ENST00000547387 897 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 AL356805.1-201ENST00000556383 341 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 MAX-218ENST00000557746 571 ntTSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 HNRNPA1P16-201ENST00000575692 955 ntBASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 AP005899.1-201ENST00000579467 544 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 AC092073.1-202ENST00000606020 653 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 AC080013.5-201ENST00000607044 679 ntBASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 UBE2L5P-202ENST00000635918 1513 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 FRZB-201ENST00000295113 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 SLC44A2-201ENST00000335757 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 CPN2-202ENST00000429275 2008 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 ZBED8-202ENST00000523213 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 TAF9-202ENST00000328663 1461 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 DFNA5-201ENST00000342947 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 STK33-203ENST00000396672 2558 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 ILK-201ENST00000299421 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 FAM47E-STBD1-204ENST00000515604 3029 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 FAM107A-206ENST00000474531 2271 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 IRAK4-212ENST00000551736 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 YIPF3-213ENST00000506469 1444 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 EZH2-202ENST00000350995 2477 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 PDHB-201ENST00000302746 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 GMPR2-204ENST00000420554 1864 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 GMPR2-223ENST00000559836 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 SLC30A5-209ENST00000621204 3999 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 CMTM1-201ENST00000328020 981 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 CMTM1-202ENST00000332695 624 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 TNNT2-207ENST00000367322 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 CMTM1-205ENST00000379500 1064 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 PSAT1P2-201ENST00000426107 972 ntBASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 TXNL4B-203ENST00000426362 965 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 AL353658.1-201ENST00000436263 789 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 AC253536.3-201ENST00000444093 558 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 FAM3D-AS1-201ENST00000464125 821 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 RN7SL351P-201ENST00000469306 248 ntBASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 HOXC-AS3-203ENST00000514702 368 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 CMTM1-209ENST00000528324 749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 CMTM1-217ENST00000533666 493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 TNNI1-205ENST00000555948 580 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 AC011444.1-201ENST00000587836 639 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 PRMT1P1-201ENST00000604252 1009 ntBASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 AC026336.4-201ENST00000624565 1050 ntBASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 POLR3K-201ENST00000293860 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 WASH7P-201ENST00000488147 1351 ntBASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 SLC25A31-201ENST00000281154 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL4A4P53420 TBCD-202ENST00000539345 3975 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
COL4A4P53420 POLR2E-213ENST00000615234 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL4A4P53420 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL4A4P53420 GRIK4-208ENST00000638419 3593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
COL4A4P53420 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL4A4P53420 NAA60-229ENST00000575076 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL4A4P53420 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.3 ms