Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 PHF24-201ENST00000242315 5718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 CD300LB-202ENST00000392621 2286 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AC011298.1-201ENST00000407635 3398 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 DAZL-201ENST00000250863 3104 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 RUFY4-201ENST00000344321 2352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 ARL2-204ENST00000529384 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AC106886.1-201ENST00000568660 600 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 KHNYN-201ENST00000251343 6725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 C7orf57-202ENST00000420324 1957 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 BLOC1S6-212ENST00000566753 1996 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 LIMD1-202ENST00000440097 2773 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 TTK-201ENST00000230510 3477 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AC068075.1-201ENST00000519714 1832 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AP1B1-201ENST00000317368 3903 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AC131212.3-201ENST00000624087 4219 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 SLC35G3-201ENST00000297307 2004 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 IL20RA-203ENST00000367748 3522 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 KIF3C-202ENST00000405914 3180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 PARP1-203ENST00000366794 3958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 ZNF785-201ENST00000395216 3282 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 ANGPTL2-202ENST00000373425 3707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 TRIM4-203ENST00000355947 3383 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 SYMPK-213ENST00000599460 5449 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 LGR5-201ENST00000266674 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 ASB3-201ENST00000263634 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AP001062.1-201ENST00000448927 4354 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 SLC16A1-207ENST00000538576 4374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 SLIT1-201ENST00000266058 7925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 DLX1-203ENST00000361725 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 CES1P1-201ENST00000421606 1704 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 PID1-202ENST00000392054 2745 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 INTS5-201ENST00000330574 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 HILS1-202ENST00000545329 423 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AC015819.2-201ENST00000618730 555 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 SPATS2-203ENST00000547865 1810 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 FUK-202ENST00000378912 3925 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 C12orf43-202ENST00000445832 2397 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 TRPM4-201ENST00000252826 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 ADAMTSL4-203ENST00000369039 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AMT-221ENST00000538581 2038 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 ABCG8-201ENST00000272286 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 GABRB3-219ENST00000636466 4509 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 PGLYRP4-202ENST00000368739 2116 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 AC004754.1-201ENST00000600536 2242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 NUTM2E-202ENST00000602967 3623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LIG3P49916 MOG-221ENST00000376917 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIG3P49916 PCM1-201ENST00000325083 6820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIG3P49916 PCDHB16-201ENST00000609684 5001 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIG3P49916 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIG3P49916 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIG3P49916 TBC1D24-205ENST00000567020 6673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIG3P49916 LINC01833-203ENST00000437916 2880 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LIG3P49916 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.9 ms