Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AC079336.4-201ENST00000584219 408 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 AC022001.2-201ENST00000607849 580 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 LINC00116-203ENST00000611969 441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 HLA-C-210ENST00000640219 976 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 MTMR6-201ENST00000381801 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 MYADM-202ENST00000391768 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 COG3-201ENST00000349995 4498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 RPH3AL-202ENST00000331302 2606 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 TRPV4-201ENST00000261740 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 ATP2A3-204ENST00000397035 4182 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 AL139082.1-201ENST00000613982 3433 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 METTL17-221ENST00000556670 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 TP53INP2-201ENST00000374809 4018 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 RNF8-202ENST00000373479 5631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 ARSE-206ENST00000545496 2506 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 ERGIC3-203ENST00000357394 1357 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 CKMT1B-201ENST00000300283 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 CKMT1A-204ENST00000434505 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 AIFM2-202ENST00000373248 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 CBLN4-201ENST00000064571 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 SGCE-204ENST00000428696 1409 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 AC079336.5-201ENST00000581360 2480 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 HNRNPU-201ENST00000283179 3120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
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USP39Q53GS9 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 CCDC22-201ENST00000376227 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 CAPZB-201ENST00000264202 858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 ODF4-201ENST00000328248 1156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 AC069277.1-202ENST00000414438 761 ntTSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
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USP39Q53GS9 FBXO24-204ENST00000465843 957 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
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USP39Q53GS9 AC246817.2-202ENST00000519393 564 ntTSL 4 BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 LINC01629-201ENST00000553613 581 ntTSL 4 BASIC14.85□□□□□ -0.03
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USP39Q53GS9 AC092171.5-201ENST00000608012 942 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 Z98259.2-201ENST00000641583 609 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 SCUBE1-202ENST00000360835 9808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
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USP39Q53GS9 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
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USP39Q53GS9 ZNF559-202ENST00000393883 5095 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 ALAS2-201ENST00000330807 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 TAMM41-205ENST00000444133 1619 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 PERM1-201ENST00000341290 3035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 IMPDH1-203ENST00000354269 2580 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 TP53I11-208ENST00000525680 2647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 RNF135-202ENST00000328381 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 JARID2-201ENST00000341776 5755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 TRPM1-203ENST00000542188 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 DDX39A-201ENST00000242776 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 FOSB-213ENST00000615753 1468 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 ACTN2-206ENST00000542672 4906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 AC138969.2-201ENST00000532739 9932 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 PDZK1IP1-201ENST00000294338 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 KRTAP19-7-201ENST00000334849 440 ntAPPRIS P1 BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 MRPL19-201ENST00000358788 693 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 UBE4B-203ENST00000377153 1273 ntTSL 3 BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 UQCRQ-203ENST00000378670 839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
USP39Q53GS9 RPP25L-202ENST00000378959 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
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