Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 APBB2-211ENST00000506352 3316 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CNKSR2-203ENST00000425654 5668 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 NUTM2G-201ENST00000354649 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 RPS6KA2-204ENST00000481261 2297 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 LRSAM1-204ENST00000373324 3044 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PEX5L-211ENST00000472994 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 C5orf56-206ENST00000612967 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 NRROS-201ENST00000328557 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MAOB-201ENST00000378069 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 RGS8-204ENST00000483095 1432 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC015802.1-201ENST00000588104 1449 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ABCA7-202ENST00000433129 6704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CDKL3-206ENST00000521118 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CAMSAP3-201ENST00000160298 3889 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PLEKHG2-206ENST00000458508 3898 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 FOXM1-210ENST00000627656 3487 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 LINC00924-202ENST00000556053 2682 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 GCC1-201ENST00000321407 4149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CNGA3-204ENST00000409937 2615 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ROCK1-201ENST00000399799 9484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC004241.5-201ENST00000623870 2448 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 FUT3-201ENST00000303225 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 LINC00479-201ENST00000412102 2033 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 LINC02538-201ENST00000609107 4569 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MAPKBP1-215ENST00000514566 5394 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AL162274.1-201ENST00000617191 1098 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ATG9B-203ENST00000469530 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 SLC12A5-211ENST00000616933 6166 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AP001627.1-201ENST00000437426 1754 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PI4KA-201ENST00000255882 6752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 C4B-201ENST00000425700 5237 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 FAM120B-205ENST00000630384 3721 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ZNF618-207ENST00000615615 9289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AMOTL2-201ENST00000249883 4488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 OS9-206ENST00000435406 2346 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MFRP-201ENST00000360167 1663 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LIG3P49916 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LIG3P49916 DOCK4-206ENST00000437633 6212 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ARHGEF9-230ENST00000637178 2145 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LIG3P49916 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC020658.7-201ENST00000624274 2442 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
LIG3P49916 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MYOM3-202ENST00000374434 5804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LIG3P49916 GPRASP1-203ENST00000444152 5809 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LIG3P49916 FBLIM1-203ENST00000375771 3498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LIG3P49916 TASP1-201ENST00000337743 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MEST-204ENST00000393187 2380 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55 ms