Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 BTNL8-203ENST00000400707 1512 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 IL12RB2-201ENST00000262345 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CACNA1G-202ENST00000354983 8138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 KCNK9-201ENST00000303015 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SULT1A1-201ENST00000314752 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CD300LG-203ENST00000377203 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TMEM216-202ENST00000398979 908 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FRMD4A-204ENST00000475141 1233 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC009487.3-201ENST00000505579 560 ntTSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 C11orf97-201ENST00000542198 701 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC009065.6-201ENST00000568795 456 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ANAPC11-206ENST00000571874 636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FAM168A-202ENST00000356467 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 KHSRPP1-201ENST00000427983 1768 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PSMG2-201ENST00000317615 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NIPAL3-202ENST00000339255 1676 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TMEM9-202ENST00000367332 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TNFRSF10C-201ENST00000356864 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC082651.3-201ENST00000474667 1947 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FAM227B-212ENST00000561064 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MRPL33-201ENST00000296102 518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 KCNK18-201ENST00000334549 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NHP2P1-201ENST00000335274 462 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RPL10-202ENST00000369817 1284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 HLA-DRB5-201ENST00000374975 1260 ntAPPRIS P1 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MRPL33-202ENST00000379666 404 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 EIF4E2-205ENST00000409394 604 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC004895.1-203ENST00000428901 540 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TNFSF13B-206ENST00000542136 495 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 C12orf73-210ENST00000552940 685 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AL160191.2-201ENST00000603975 601 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 DNAJC10-211ENST00000640034 888 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 C1QTNF9-201ENST00000332018 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 INSIG1-201ENST00000340368 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 BIN3-202ENST00000399977 1340 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC138761.4-201ENST00000578881 1514 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 BTNL8-206ENST00000508408 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RPF1-201ENST00000370654 1385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MSANTD2P1-201ENST00000445341 1368 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 UBOX5-AS1-201ENST00000446537 1792 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 KCTD18-202ENST00000409157 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC006504.5-208ENST00000588784 2401 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 WIPI1-201ENST00000262139 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SVOPL-203ENST00000421622 1653 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 VPS25-201ENST00000253794 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CTSL-202ENST00000342020 933 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CST1-202ENST00000398402 655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AL121983.2-202ENST00000419983 535 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CCDC12-202ENST00000425441 1097 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms