Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 PLTP-203ENST00000372431 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC067931.2-201ENST00000623655 2003 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 CD3EAP-202ENST00000589804 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 MVB12B-206ENST00000489637 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TTC39A-216ENST00000530004 1780 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC025183.3-201ENST00000623526 1482 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 DAB2IP-205ENST00000408936 6784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 SGCA-201ENST00000262018 1432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 PPM1L-201ENST00000295839 1449 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 EMP1-211ENST00000544053 1436 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 OR2V1-201ENST00000329365 948 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC016757.1-202ENST00000409376 892 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC019118.2-201ENST00000425776 718 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 RPS27L-203ENST00000439025 970 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TIMP1-205ENST00000456754 1095 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 DMKN-256ENST00000492341 738 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 LINC02435-201ENST00000508291 584 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 HMGCLL1-208ENST00000508459 884 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 RNA5SP406-201ENST00000516106 112 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ANAPC15-204ENST00000535234 848 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 TMEM202-AS1-201ENST00000562573 723 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 AC005759.1-202ENST00000599416 415 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 LINC00244-201ENST00000625073 613 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 RARS2-201ENST00000369536 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 LINC002481-201ENST00000499502 1821 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC87Q9NVE4 GSTCD-206ENST00000507281 2091 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 MRPS10-201ENST00000053468 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 COLCA2-202ENST00000526216 1332 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 MX1-218ENST00000619682 1980 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 PRAMEF8-202ENST00000614831 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 PRAMEF7-202ENST00000616979 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 SLC50A1-202ENST00000368401 1166 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 AC112721.1-201ENST00000409162 588 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 ACYP2-204ENST00000422521 1115 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 AC156455.1-203ENST00000423999 893 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 AL161932.2-201ENST00000435436 679 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 AL391415.1-201ENST00000439844 400 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 CHTF8-204ENST00000518041 567 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 SORD2P-201ENST00000558556 1069 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 LINC01569-203ENST00000573268 694 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 AC055811.3-201ENST00000584952 686 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 AC025048.2-201ENST00000590744 786 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 AL021707.6-201ENST00000609212 491 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 CBLN4-201ENST00000064571 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 NMBR-201ENST00000258042 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 SERPINB6-206ENST00000380546 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 MAGED2-201ENST00000218439 1958 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 VDAC1-201ENST00000265333 1953 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 AC013472.1-203ENST00000380387 1966 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 GDAP1L1-207ENST00000612599 2585 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 C1orf228-218ENST00000458657 1818 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 GNAI2-201ENST00000266027 2169 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 FBXO16-202ENST00000380254 1343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 HTR3E-203ENST00000425359 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC87Q9NVE4 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms