Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AP4M1-201ENST00000359593 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 USP36-201ENST00000312010 5234 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SF1-201ENST00000227503 2850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 GJD2-201ENST00000290374 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SLC22A23-202ENST00000380302 2883 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC005562.1-201ENST00000583030 3219 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 GTF2IRD1-202ENST00000424337 3077 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 KCNN2-206ENST00000512097 3076 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 COG8-206ENST00000306875 4247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CNOT10-201ENST00000328834 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 WARS2-202ENST00000369426 2811 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 EGR2-202ENST00000411732 2824 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SLC22A12-202ENST00000377567 2599 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC148477.2-201ENST00000537762 3039 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 RAPGEF4-201ENST00000397081 4299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 RNF122-201ENST00000256257 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ABCG1-205ENST00000398449 2998 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 MAD1L1-204ENST00000406869 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 YIPF7-201ENST00000332990 937 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 MRPL55-214ENST00000366741 603 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 MRPL55-218ENST00000366747 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 HIST2H2AA3-201ENST00000369159 549 ntAPPRIS P1 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 PPIE-203ENST00000372830 1198 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SMS-201ENST00000379404 1174 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TXNRD3NB-202ENST00000383572 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AL021707.3-201ENST00000418803 527 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TLE1P1-201ENST00000422965 589 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC106786.1-201ENST00000442777 792 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CHL1-AS2-203ENST00000452919 726 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 EIF4HP1-201ENST00000453115 687 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 HIST2H2BC-201ENST00000498492 580 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC074194.1-201ENST00000505025 622 ntTSL 4 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC100850.1-201ENST00000506768 649 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC113192.2-201ENST00000525320 308 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CATSPERZ-203ENST00000539943 917 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC025154.1-201ENST00000552806 560 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 C15orf40-211ENST00000565712 559 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 NDUFV2P1-201ENST00000596415 907 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC016629.1-201ENST00000596579 586 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 HCG18-245ENST00000602550 559 ntTSL 4 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 LINC00595-217ENST00000635545 549 ntTSL 4 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 C7orf33-201ENST00000307003 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SGK2-201ENST00000341458 2498 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TTC7A-203ENST00000409245 3033 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CALCOCO2-211ENST00000508679 1396 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CAP2-209ENST00000616440 2776 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ZNF619-201ENST00000314686 2233 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TNIP1-214ENST00000522226 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 FRMD8-202ENST00000355991 3514 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TIFA-201ENST00000361717 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 LPO-201ENST00000262290 2979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ALDOA-203ENST00000395248 2447 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 RNF166-210ENST00000568683 1768 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TMEM212-201ENST00000334567 1881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC138028.2-202ENST00000567968 4528 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 AC136759.1-202ENST00000530858 2194 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 SUOX-201ENST00000266971 2364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 MRVI1-204ENST00000527509 2686 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 SFXN3-201ENST00000224807 3089 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 MKNK1-203ENST00000371945 2618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 MGAT1-202ENST00000333055 8863 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 PRRT2-201ENST00000300797 3002 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 USP48-213ENST00000529637 3228 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 ARMC5-202ENST00000408912 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 BOLA3-201ENST00000295326 444 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 SAP30L-202ENST00000426761 777 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 AP000320.1-201ENST00000440403 471 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 CENPBD1P1-203ENST00000479047 569 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 AC106794.1-201ENST00000506935 792 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 AC005740.2-201ENST00000511085 419 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 AC104241.2-201ENST00000532748 789 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 TNNT1-203ENST00000536926 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 AL163636.1-201ENST00000554286 915 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 AC007333.1-201ENST00000568286 630 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
HOXD4P09016 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
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