Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 BBS1-202ENST00000393994 1790 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 HSD17B6-205ENST00000554643 1751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TTLL4-212ENST00000457313 3723 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC011498.7-201ENST00000624986 2027 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SYNRG-217ENST00000612223 8229 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CEP295NL-205ENST00000619342 1866 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 VRK3-217ENST00000599538 2126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ANKEF1-201ENST00000378380 5303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PLCD1-204ENST00000463876 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MAN2B2-202ENST00000504248 2968 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PCMTD2-204ENST00000369758 3212 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PLCB1-218ENST00000629992 3095 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ATXN7L1-207ENST00000477775 2426 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CRACR2A-201ENST00000252322 2186 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 POLN-210ENST00000511885 3253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CALML3-201ENST00000315238 2763 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ANKRD42-201ENST00000260047 2514 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 FAAP100-201ENST00000327787 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 DEPDC7-201ENST00000241051 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TPCN1-214ENST00000550785 5345 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 FERMT1-201ENST00000217289 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ARL2-204ENST00000529384 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CYTH3-201ENST00000350796 4505 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CYTH3-202ENST00000396741 4508 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 KIAA0141-201ENST00000194118 2203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ADAM15-209ENST00000449910 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MARC1-201ENST00000366910 7439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SDHAF2-201ENST00000301761 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ADGRE2-208ENST00000595839 2046 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 UBA1-202ENST00000377269 2497 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 LRIG3-201ENST00000320743 4070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TPM3P9-201ENST00000424846 2920 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 POLR1E-202ENST00000377798 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 GPER1-203ENST00000397092 2971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SLC20A2-208ENST00000520262 2992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AGPAT1-205ENST00000395497 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ST7L-207ENST00000369669 1743 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 DBN1-203ENST00000393565 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 RNU1-114P-201ENST00000365297 166 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 U91328.1-201ENST00000437528 223 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TMEM198B-204ENST00000484016 896 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CCKBR-204ENST00000531712 463 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 HILS1-202ENST00000545329 423 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC092634.8-201ENST00000639687 773 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PARP3-203ENST00000431474 2360 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ADAM33-201ENST00000350009 3480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ZNF782-205ENST00000481138 4213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ARRB1-202ENST00000420843 3336 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 LILRB5-203ENST00000449561 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PTENP1-202ENST00000532280 3996 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ZNF718-202ENST00000609714 2772 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CAMK2D-205ENST00000394524 5294 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 GNPNAT1-203ENST00000554230 2238 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 NTN4-201ENST00000343702 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC022028.2-201ENST00000474115 2619 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC104836.1-202ENST00000636805 6041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LIG1P18858 NUMB-216ENST00000555394 3037 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 NOX5-209ENST00000530406 2289 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.8 ms